Δεν είναι γνωστό. Η παλαιότερη σε στοά καταγραμμένη μύηση ελευθεροτέκτονα είναι αυτή του Elias Ashmole το 1646 στην Αγγλία. Η σημερινή μορφή και οργάνωση του Ελευθεροτεκτονισμού άρχισε με την ίδρυση της Μεγάλης Στοάς της Αγγλίας στις 24 Ιουνίου 1717, που είναι και η πρώτη Μεγάλη Στοά που ιδρύθηκε στον κόσμο. Η Ιρλανδία ακολούθησε το 1725 και η Σκωτία το 1736. Όλες οι υπόλοιπες κανονικές Μεγάλες Στοές που ιδρύθηκαν στον κόσμο μετά, έχουν ιδρυτικές ρίζες από αυτές τις Στοές.
Όσον αφορά στην προέλευση του Ελευθεροτεκτονισμού υπάρχουν δύο κύριες θεωρίες.
Σύμφωνα με την πρώτη, οι λιθοδόμοι που έχτιζαν τον μεσαίωνα τους μεγάλους καθεδρικούς ναούς και τα κάστρα είχαν τα παραπήγματά τους κοντά στους τόπους εργασίας τους και τα αποκαλούσαν στοές (lodge) στα οποία έκαναν τις συναθροίσεις τους. Είχαν απλές τελετές μύησης και, δεδομένου ότι τότε δεν υπήρχε κανενός είδους πιστοποιητικό συντεχνιών, κάρτες μελών ή κάρτες ιδιότητας μέλους συνδικάτων, υιοθέτησαν μυστικά σημάδια και λέξεις για να καταδείξουν ότι ήταν εκπαιδευμένοι κτίστες, όταν κινούντο από περιοχή σε περιοχή και από έργο σε έργο. Στα 1600μ.χ, αυτές οι Στοές, λόγω της αίγλης που απέκτησαν, άρχισαν να δέχονται και μη λιθοδόμους/τέκτονες ως ελεύθερους τέκτονες. Βαθμιαία αυτοί οι ελεύθεροι τέκτονες ανέλαβαν τη διοίκηση των Στοών και τις μετέτρεψαν από Στοές λιθοδόμων σε "ελεύθερες και αποδεκτές" ή "θεωρητικές" Στοές.
Η δεύτερη θεωρία υποστηρίζει ότι προς το τέλος του 15ου και στις αρχές του 16ου αιώνα, υπήρξε μια κίνηση που ενδιαφέρθηκε για την προώθηση της θρησκευτικής και πολιτικής ανοχής και ανεξαρτησίας σε μια εποχή φεουδαρχισμού και μεγάλης καταπίεσης όταν οι διαφορές της άποψης σε θέματα θρησκείας και πολιτικής είχαν οδηγήσει σε αιματηρούς πολέμους. Με την διαμόρφωση του Ελευθεροτεκτονισμού, προσπαθούσαν να βελτιώσουν τον ανθρώπινο χαρακτήρα, τα ανθρώπινα ήθη και να χτίσουν έναν καλύτερο κόσμο. Δεδομένου ότι στα μέσα διδασκαλίας της εποχής εκείνης περιλαμβάνονταν οι αλληγορίες και ο συμβολισμός, πήραν την ιδέα της Στοάς ως κεντρική αλληγορία στην οποία βασίστηκε η διαμόρφωση του συστήματός τους. Κύρια πηγή αλληγοριών απετέλεσε η Βίβλος, το περιεχόμενο της οποίας ήταν γνωστό ακόμα και σε αυτούς που δεν γνώριζαν γραφή και ανάγνωση. Το μόνο κτήριο που περιγράφεται λεπτομερώς στη Βίβλο είναι ο ναός του βασιλιά Σολομώντα, που η ανέγερσή του έγινε η βασική τεκτονική αλληγορία. Οι παλαιές τεκτονικές συντεχνίες παρείχαν την βασική διοικητική δομή μιας Στοάς και τα εργαλεία του κτίστη παρείχαν έναν πλούτο συμβόλων με τα οποία ο Ελευθεροτεκτονισμός προσπάθησε να επεξηγήσει τις ηθικές του διδασκαλίες.