Η Βιβλιοθήκη της Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος έχει μακρά και σημαντική ιστορία. Το 1893 η Στοά «Πυθαγόρας» μετά από πρόταση του μέλους Χαρ. Διοσκουρίδη ανέλαβε την πρωτοβουλία να ιδρύσει και λειτουργήσει στο Τεκτονικό Μέγαρο βιβλιοθήκη/αναγνωστήριο. Συστήθηκε επιτροπή υπό τον πρόεδρο της Στοάς Κ. Ξένο και από την 1η Μαρτίου 1893 η Βιβλιοθήκη λειτούργησε κανονικά. Μάλιστα από τότε άρχισε να εκλέγεται στο συμβούλιο της Στοάς «Πυθαγόρας» ένα μέλος σαν ειδικός Βιβλιοφύλακας.
Δυστυχώς, όμως, κατά τη διάρκεια της κατοχής της Ελλάδος από τα ναζιστικά στρατεύματα η Βιβλιοθήκη μαζί με όλα τα ιστορικά αρχεία του Ελληνικού Ελευθεροτεκτονισμού, όπως και των περισσοτέρων Ευρωπαϊκών Τεκτονικών δυνάμεων, κατασχέθηκαν και τα βιβλία μεταφέρθηκαν -πιθανώς- στο Βερολίνο από όπου είτε χάθηκαν είτε τα πήρε η τότε Σοβιετική Ένωση.
Μετά την απελευθέρωση και ιδίως μετά το 1950 άρχισε μία συντονισμένη προσπάθεια της Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος για την επανασύσταση της Τεκτονικής Βιβλιοθήκης. Σε αυτή την προσπάθεια συνέβαλαν τα μέλη του Ελληνικού Ελευθεροτεκτονισμού που προσέφεραν βιβλία από τις ιδιωτικές τους συλλογές. Αποτέλεσμα αυτής της προσπάθειας ήταν να συγκεντρωθεί, με την πάροδο του χρόνου, ένας σημαντικός αριθμός τίτλων που κάλυπταν ένα μεγάλο γνωστικό εύρος, συμπεριλαμβανομένων και Τεκτονικών θεμάτων.
Ο εμπλουτισμός της Βιβλιοθήκης συνεχίστηκε με δωρεές μελών αλλά και εκδοτικών οίκων και σήμερα περιλαμβάνει περί τους 8.000 τίτλους. Σημαντικό θεωρείται το έργο/προσφορά μελών, στην αρχή της δεκαετίας του 1990, που αφορούσε την καταγραφή και κατηγοριοποίηση των τίτλων καθώς και την δημιουργία λογισμικού για την σύγχρονη βιβλιοθηκονομία. Το πρόγραμμα αυτό βοήθησε εξαιρετικά στην αναζήτηση τίτλων από τα μέλη/χρήστες της Βιβλιοθήκης αλλά και στην ευκολότερη ταξινόμηση των τίτλων.
Σήμερα, υπό την αιγίδα και αμέριστη συμπαράσταση του Συμβουλίου της Μεγάλης Στοάς της Ελλάδος, μία μικρή ομάδα εθελοντών -ειδικών στους ηλεκτρονικούς υπολογιστές- υπό την καθοδήγηση του υπευθύνου της Βιβλιοθήκης, δημιούργησε ένα λογισμικό πρόγραμμα βασισμένο στις πλέον σύγχρονες τεχνολογικές εξελίξεις. Το πρόγραμμα αυτό έχει τεθεί σε πειραματική λειτουργία ώστε -εφόσον υπάρξει ανάγκη- να γίνουν οι σχετικές βελτιώσεις. Το πρόγραμμα έχει σχεδιαστεί σε μορφή web και περιλαμβάνει μηχανή αναζήτησης τίτλων, συγγραφέων, θεματικών ενοτήτων κλπ. Επίσης περιλαμβάνει και υποπρόγραμμα για τον δανεισμό βιβλίων στα μέλη, όταν και εφόσον αποφασιστεί.
Στους σχεδιασμούς της εθελοντικής ομάδας εργασίας είναι η ηλεκτρονική απεικόνιση (e-books) των πλέον σημαντικών και σπάνιων τίτλων που διαθέτει η Βιβλιοθήκη, και η δυνατότητα χρήσης τους μέσω ηλεκτρονικών υπολογιστών. Η Μεγάλη Στοά της Ελλάδος έχει εφοδιάσει την Βιβλιοθήκη με σύγχρονο ηλεκτρονικό εξοπλισμό καθώς και ειδικό εξοπλισμό κατάλληλο για την ψηφιακή απεικόνιση βιβλίων και περιοδικών.
Η Βιβλιοθήκη συνεχώς εμπλουτίζεται με προσφορές βιβλίων από τα μέλη του Ελληνικού Τεκτονισμού αλλά και από εκδοτικούς οίκους και δέχεται τους επισκέπτες/μέλη κατά τις ώρες λειτουργίας της καθημερινά 17.00-20.00.
Ιστορικής σημασίας εθελοντικό έργο της ομάδας εργασίας είναι η ψηφιοποίηση και ηλεκτρονική απεικόνιση του Τεκτονικού Περιοδικού ΠΥΘΑΓΟΡΑΣ και η δημιουργία ειδικού λογισμικού αρχειοθέτησης που περιλαμβάνει μηχανή αναζήτησης.